При запуске каждый раз сбивались часы. Время переставлялось на пару часов вперед. Как оказалось, Ubuntu сверяется с часами в Bios'е(считая что это UTС 0) и добавляет к нему разницу. …

Решается это легко:

• В терминале:

  sudo gedit /etc/default/rcS
• В открывшемся файле изменяем значение UTC:

  UTC=no 

Всё.

Ссылки по теме:
Статья в Wiki "Системное время в Ubuntu и в Windows различно"