Настройка для браузера Opera: …

Открываем Opera и заходим в настройки:
1. Общие настройки (Ctrl+F12)
2. Вкладка "Расширенные"
3. Пункт "Программы"
Добавляем протокол magnet:
4. "Добавить".
5. В пункте "Протокол" пишем magnet
6. Выбираем "Открыть в другой программе" и прописываем /usr/bin/ktorrent.

Аналогично должно работать и для других торрент-клиентов.

Ссылки по теме:
Google chrome (Chromium) и Magnet-ссылки в Linux