Штатными средствами это делается так: …

1. Заходим в "свойства" папки или файла.
2. Жмем на значок папки:

3. Выбираем любое изображение или переходим в папку /usr/share/icons (там уже есть некоторое кол-во иконок).
Если потребуется восстановить первоначальное изображение, то вместо п.3 жмем на кнопку "Восстановить".

Так же можно поменять иконки установленных программ:
1. в терминале:

sudo nautilus /usr/share/applications

2. Дальше все как и с обычными папками/файлами.
НО! функция восстановления первоначального изображения не работает. Некоторые иконки есть в /usr/share/pixmaps, но их там мало.